初めて観たは全くわからなかったんですが、解説サイトとかを読みつつ２回目は大枠のシナリオは見えてきたので、まとめて解説していきたいと重います。
下の画像だけで大筋の登場人物の思惑と行動をまとめました。
内庁の偉そうな人 ゴーダ (合田一人)
見るからに怪しいですが、黒幕です。
目的
日米安保を米帝が有利な条件で締結させる
（その後の米帝への亡命と地位を約束されている）
行動
難民に蜂起を促すウイルスである、個別の十一人ウイルスを作成。
そして、蜂起が起こったところで、その鎮圧に米を協力（難民の核自爆に見せかけた核攻撃）させることを口実に日米安保の締結を早めようとする。
これがいわゆるゴーダシナリオ。
難民革命軍のリーダー クゼ・ヒデオ
目的
出島で核武装し、難民の独立国家を作る。
これはネットと融合するという大きな理想のための第一歩だともいっています。
行動
クゼの行動は常に難民のみが見れるようにネットで配信されており、同志を集める。
出島で核武装し、難民の独立国家を日本に認めさせようとする。
しかし、米帝からの核攻撃があると分かってからはその内容をネットに流す。
公安9課 草薙素子
目的
ゴーダのシナリオの阻止
行動
出島に立てこもるクゼを逮捕し、プルトニウムとセットで引き渡すことで核攻撃を阻止しようとする。
公安9課 タチコマ
行動
米帝の核ミサイル攻撃を自身のAIが搭載された衛星と衝突させることで回避させる。(泣ける）